遠東軍事法庭東京審判于1946年5月3日開庭，1948年11月12日宣布對25名被告的判決，隨后閉庭。從審判本身的最初目的來看，其收場方式甚至讓人難于理解，審判方面更讓人感到有見風使舵之嫌疑。未經(jīng)起訴便釋放一直拘禁著的岸信介 兒玉譽士夫等全體甲級戰(zhàn)犯嫌疑者一事便是如此，不出版審判記錄也是如此。

反觀紐倫堡審判譽1945年11月開始公審，1946年10月宣布判決，隨后從1947年到1949年，長達13卷的審判記錄相繼出版。為了使審判的效果不至于轉(zhuǎn)瞬即逝，出版和公開審判記錄 是必不可少的。

東京審判和紐倫堡的組織和做法很不相同：

1 前者由美國單方面主持，麥克阿瑟可以一個人判決最后結(jié)果;

紐倫堡有英美法蘇四國主持。

2 審判官。

遠東委員會(FEC)11個成員國的11名審判官由盟軍最高統(tǒng)帥任命。紐倫堡為4國派出4名審判官，然后由各國分別任命一名預(yù)備審判官。

3 法定人數(shù)。

東京審判只需要半數(shù)以上的審判官出席，紐倫堡4人全部出席，缺席的審判官由預(yù)備審判官代替出席。

4 審判長。

遠東由盟軍最高統(tǒng)帥任命，而紐倫堡的原則是審判官互相推選輪流擔任，每次審判均更換。

5 檢察官。

遠東為盟軍最高統(tǒng)帥任命，然后由運動委員會各成員國分別任命1名陪席檢察官，輔助首席。

由此可見，遠東軍事法庭并不是根據(jù)參加審判的11國共同協(xié)定成立的，而是有盟軍最高統(tǒng)帥麥克阿瑟單方面宣布成立的，那么法庭的焦點就在麥克阿瑟身上了。

麥克阿瑟在二戰(zhàn)結(jié)束前和日本方面達成了協(xié)議，即不對日本天皇進行訴訟換取幾萬美軍的性命，因為美軍在沖繩 硫磺等地遭受了巨大的損失。美國以最快的速度占領(lǐng)了日本，從而達到了排斥蘇聯(lián)的目的，從而形成了柏林和東京戰(zhàn)后盟國統(tǒng)治的不同格局。

在麥克阿瑟的排斥下，遠東法庭首席檢察官基南被撇在了一邊，而莫羅對中國遭受細菌化學武器的調(diào)查報告也被封存，如果不是當時蘇聯(lián)的強烈抗議，731可能難有得見天日得一天，但是即使是這樣，蘇聯(lián)仍然沒有得到審訊731部隊得機會，731部隊成員被美國單獨保護起來，沒有受到戰(zhàn)敗后得追責，這是中國方面遠東法庭得一個相當大得遺憾，731部隊返回日本后，迅速占領(lǐng)醫(yī)學界，他們得很多科研成果都可以說是踩著中國人得尸體走出來得。當然這歸咎于麥克阿瑟得功勞。

1945年10月2日，華盛頓的方針在國務(wù)院 陸軍 海軍 三方調(diào)整委員會回憶上作為國家政策確定下來，即肯定紐倫堡的審判模式，但是堅持由邁科阿瑟決定。但是麥克阿瑟否定了紐倫堡的審判，他強烈的想把戰(zhàn)犯交由美國軍事法庭單獨審問，而且把側(cè)重點放在珍珠港由誰策劃的審判意見上來。12月7日，麥克阿瑟和基南的協(xié)商中，麥克阿瑟就國際審判強調(diào)了三點：1 必須盡快進行審判2將起訴日本戰(zhàn)犯的理由簡單化，可集中到屠殺美國人民這一點上來3希望審判不要觸及事后法則。可以看出此次法庭的審判中心不是受難最深的中國而是美國，麥克阿瑟的想法就是為珍珠港死難的幾千官兵復(fù)仇，而不是遵守國際協(xié)定公正的審判。從美國遞交的戰(zhàn)犯名單上可以看出美國的意圖，在名單的開頭便是偷襲珍珠港時11名內(nèi)閣成員的名單。

由于麥克阿瑟單方面的自做主張，很多罪行累累的戰(zhàn)犯被無罪釋放，當時威洛比的請求很容易就得到了麥克阿瑟的批準。

我們國人最為關(guān)心的南京大屠殺問題在遠東軍事法庭里顯得微不足道，當時對日本方面華中總指揮松井石根簡單而隱秘，然而在美國的干預(yù)下，松井雖然被處以死刑，但是更多的南京大屠殺戰(zhàn)犯被保存下來，比如朝香宮等人。

我國在遠東軍事法庭里所起到的地位甚微，和我國所受災(zāi)難明顯不符我國派出了一名檢察官和兩名助理檢察官，然而我國對戰(zhàn)犯的審判結(jié)果沒有起到實質(zhì)性作用，很多在中國犯下罪行的戰(zhàn)犯根本沒有被麥克阿瑟列入名單。我國在遠東軍事法庭的失利，和我國當時的國際地位時分不開的。

檢察團本來是負責控告被告的，而在遠東法庭里卻起草了審判之法，從一般的審判常識來講時頗為奇怪的。在紐倫堡審判里，國際軍事法庭憲章時根據(jù)英美蘇法四國協(xié)定簽訂的，而東京審判的憲章卻是由麥克阿瑟一個人公布的，雖然各國組成的檢察團構(gòu)成了法庭的檢察隊伍，但卻從屬于麥克阿瑟手下的一個局，在公布的憲章里的第八條檢察官一條特別規(guī)定了首席檢察官除了有控告被告的職責外，還要給麥克阿瑟以適當?shù)姆缮系膸椭｛溈税⑸约簺Q定了5～9名檢察官，同時取消了紐倫堡的預(yù)備檢察官制度，遠東軍事法庭實際上成了麥克阿瑟自己后院的法庭。

查閱資料的時候發(fā)現(xiàn)，在遠東軍事法庭里有著太多的不公正不徹底的裁決，我國在這次法庭里吃的虧相當?shù)亩啵梢詮膽?zhàn)后11國商定的賠償款配比中看出，美國單方面要求要占用百分之四十的賠款，而中國只有很少的一部分。而這次法庭的判決結(jié)果，也給了今天日本抵賴罪行的借口，當年的那場裁判就是一次交易的成功：日本和美國的媾和。

而中國，由于一些當時美國為料及的政治變故，使得在遠東軍事法庭里，擔當了受氣包這個角色，承受了這次不公正不徹底的審判的苦果。