國本之爭過程：朱常洛因朝臣擁護保住了太子
朝臣擁護朱常洛
明朝大臣受到流言影響，紛紛建議盡早冊立皇長子朱常洛為太子，以破除流言。萬歷十四年(1586年)鄭氏生子同年，首輔申時行上疏，列舉明英宗兩歲、明孝宗六歲被立皇太子為例，要求冊立皇長子朱常洛為太子，明神宗以長子幼弱為由，等兩三年后再舉行。這加深群臣的不安，戶科給事中姜應麟、吏部員外郎沈璟等人紛紛殊請冊立東宮。其中姜應麟措詞激烈，讓明神宗激怒，將奏折扔在地上，對身邊宦官說“冊封貴妃，初非為東宮起見，科臣奈何訕朕！”遂降旨：“貴妃敬奉勤勞，特加殊封。立儲自有長幼，姜應麟疑君賣直，可降極邊雜職。”于是貶姜應麟為大同廣昌典史。
吏部員外郎沈璟、刑部主事孫如法相繼上言，都被處罰。但自明神宗處罰姜應麟的諭旨也指出立太子一定會依長幼順序冊立。此后大臣仍然要求冊立皇長子朱常洛為太子，并于萬歷十八年(1590年)集體要求冊立，并且杜門請辭，向明神宗施加壓力。明神宗只好推至明年、或皇子十五歲時，之后又推說延至萬歷二十年春舉行。到次年八月工部張有德提議需要動工準備，然而被明神宗以不準奏擾為由罰祿三月。首輔申時行與大臣等人上疏反對，明神宗大怒，然而申時行又暗中表明辯白。此時曝光后申時行名譽掃地，被彈劾后只得辭職返家。眾大臣或被辭職，或被廷杖。
三王并封之禮
萬歷二十一年(1593年)年正月，明神宗加快了改立進程，下手詔給大學士王錫爵，要將皇長子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一并封王，以后再擇其中善者為太子。王錫爵既怕得罪明神宗，又怕被朝臣攻訐，于是上疏請由皇后撫育長子，如此長子就是嫡子。然而神宗只以前諭示朝臣，繼續準備行三王并封之禮，頓時朝中大嘩。
因為王錫爵這么一說，等于明指朱常洛還需要補辦手續，質疑了朱常洛做太子的合法性，因此大臣們紛紛指責王錫爵阿諛順上，王錫爵無奈自劾請辭，而神宗也迫于眾議收回了前命。
