順治二年閏六月初七，明福建巡撫張肯堂、禮部尚書黃道周及南安伯鄭芝龍、靖虜伯鄭鴻逵等，奉唐王朱聿鍵稱監國于福州。閏六月二十七日稱帝，改福州為天興府，以是年為隆武元年。朱聿鍵，朱元璋九世孫，端王朱碩熿之孫。

1645年(清順治二年、南明弘光元年)六月二十八日，朱聿鍵在福建建寧稱監國。閏六月丁亥(初七)至福州，以南安伯府為行宮。二十天后，朱聿鍵于福州正式稱帝，改元隆武，宣布從七月初一起改弘光年號為隆武元年。改福建布政司稱福京，改福州行在為天興府，改布政司為行殿，建行在太廟、社稷及唐國宗廟。升鄭芝龍為平虜侯、鄭鴻逵為定虜侯，封鄭芝豹為澄濟伯、鄭彩為永勝伯。以黃道周為吏部尚書、武英殿大學士，蔣德璟為戶部尚書、文淵閣大學士，朱繼祚為禮部尚書、東閣大學士，曾櫻為工部尚書、東閣大學士，黃鳴俊、李光春、蘇觀生等人為禮、兵各部左右侍郎兼東閣大學士。

隆武帝即位后上高曾祖父四代帝號，高祖唐敬王朱宇溫為惠皇帝，曾祖唐順王朱宙栐為順皇帝，祖父唐端王朱碩熿為端皇帝，父唐裕王(追封)朱器墭為宣皇帝。四代祖妣皆追封皇后。封弟朱聿鍔為唐王，封國南寧;升叔德安王朱器?為鄧王;追封弟朱聿觨為陳王，子朱琳渼為陳王世子。遙上弘光帝尊號“圣安皇帝”。隆武元年七月下令將嘉靖年間皇極殿、中極殿、建極殿三殿之名恢復為奉天殿、華蓋殿、謹身殿，各衙門前加“行在”二字。

依據倫序，最有資格繼承皇位的帝廣西的桂王，但桂王當時距離江南太遠。而眾明臣齊推唐王朱聿鍵的另外一個原因是他的封地在南陽。這是東漢光武帝劉秀的起家之地。眾臣推唐王朱聿鍵為帝，想把他當作重振大明的標志，很想讓他暗和天意，爭取做一個明朝的“光武帝”，復興明朝。

隆武帝舉行大典儀式當天，大風霧起，拔木揚沙，尚璽官的坐騎受驚，玉璽摔落，碰壞一角。眾人心驚，皆認為兆征不祥。雖然如此，隆武君臣還是很有平復天下的決心，銳意恢復。

1646年(隆武二年)8月21日，隆武帝逃出延平，又想取道汀州去江西。如此危難緊急關頭，酷嗜讀書的隆武帝仍然“載書十車以行”，邊逃邊讀，邊讀邊逃。小路狹隘，書又沉，更拖慢了諸人的逃跑速度。

到汀州城外時被清軍追上，他帶著曾皇后和隨駕的周之藩等躲入關帝廟。清兵在門前厲聲呼喝：“誰是隆武？”周之藩舍身想掩護隆武帝脫險挺身呼曰：“吾乃大明皇帝也”，清軍群射之。周之藩拔箭，手殺數十人，最后腦后中箭，墜馬被殺。將軍熊緯督二十余人格斗，最后喉嚨中箭而死。清兵也懷疑他不是隆武帝，進廟搜查，只見后門洞開，廟內空無一人，知隆武帝和曾皇后已從后門逃入汀州城內。[

到汀州時，隆武帝的隨從僅僅五百人而已。隆武帝在汀州剛歇過一口氣，轉天凌晨，清軍前鋒統領努山命令幾百個兵士穿上明軍服裝，打著明軍旗號，直奔城門。汀州守軍以為是敗退下來的明軍，讓清軍進程，清軍一擁而入，俘獲了隆武帝和曾皇后，并將他倆分別押入轎子送往福州。到閩江支流九溪邊停下休息時，曾皇后猛然竄出轎子，哭喊一聲，陛下宜殉國，妾先去了。縱身跳崖身死。朱聿鍵也幾次想自盡，都因清兵的嚴密監守而未成，于是絕食而死在福州囚處。