《永樂大典》在書籍中可以稱的上是龐然巨帙，每本《永樂大典》相當于現在普通書籍的兩倍大小。要拿走一兩本《永樂大典》而不被人發現，已經不是一件易事。如果要轉移大量《永樂大典》，似乎更加困難。

那么，這些“偷書官”又是用什么方法將《永樂大典》偷出去的呢？

據清人繆荃孫記載：翰林院的一些官員偷書伎倆極為巧妙。他們一般選擇在冬天進行偷竊。

官員早上進翰林院時隨帶棉袍一件，不穿在身上，打成包袱形狀如兩本《永樂大典》大小。當夜晚降臨的時候，一些官員也開始實施他們偷書的計劃。他們的辦法是將兩本《大典》包入包袱里，卻把原本包在包袱里的棉袍穿在身上。看守人員見到早上曾帶包袱而來，晚上帶包袱而去，也就不起疑心了。

據記載，光緒年間一位翰林侍讀文廷式，一人就盜走100多本《永樂大典》。文廷式死后，這些書又被其后人出售，賣給洋人或者古董商。就這樣，《永樂大典》就被大量流失出去。而且幾經展轉，無從尋覓這些被盜出的《永樂大典》的下落了。

目前，《永樂大典》散落在日本、英國、美國等幾個國家。是什么原因將這些《永樂大典》遠離祖國，流散到異域遠邦呢？

永樂大典的災難源于國人說熟知的那段民族屈辱史。光緒二十六年(1900)，八國聯軍入侵北京，在文明古都燒殺掠搶。

翰林院座落在東交民巷，靠近使館區，已經被淪為戰場。那些價值連城、有些甚至從未在皇宮之外面世的古版書籍正在被大火一點一點的吞沒，一些沒有被焚燒的古籍被隨意的拋在院子里，池塘中。侵略者對《永樂大典》肆意搶掠，甚至代替磚塊，構筑工事。在這場災難過后，《永樂大典》幾乎喪失殆盡，僅存的數百冊也散落世界各地。

在中國國家圖書館，翻開這歷經幾百年滄桑的《永樂大典》，專家們發現，這里收藏的所有《永樂大典》有一些共同的特征：從紙張看，這些《永樂大典》用的是嘉靖時期的皮紙，也叫白棉紙。而且，書后都注明了重錄總校官、分校官、寫書官及圈點人姓名。所以，可以推斷的是，這些《永樂大典》全都是明朝嘉靖時期的抄本。這就是說，國家圖書館收藏的所有《永樂大典》都不是永樂年間編篆的。那么《永樂大典》除了永樂年間的這個版本之外，到底還有幾個版本呢？

在中國國家圖書館的地庫里，收藏有161冊舉世聞名的《永樂大典》。從明成祖朱棣編寫《永樂大典》至今，已經有600余年。在漫長的歲月中，《永樂大典》經歷各種不幸遭遇，丟失了一萬多冊。目前全書僅有不足百分之四，400冊左右的《永樂大典》流散在世界各地。然而，專家們發現，目前全世界所能見到的《永樂大典》都有一些共同特征：每本書的書后都注明了當時的重錄官員，而這些官員全都是明朝嘉靖皇帝時期的官員。

這就是說，目前世界上所有能見到的所有《永樂大典》都不是永樂年間編篆的。那么，《永樂大典》除了永樂年間的這個版本之外，到底還有幾個版本呢？據史書記載，《永樂大典》修成之后，明朝各代帝王中查閱過《永樂大典》的卻寥寥可數。

據史書記載，重錄的《永樂大典》的在內容、格式、裝幀方面與原本如出一轍，令人嘆為觀止。此后，《永樂大典》便有了兩個版本。現在人們習慣于把永樂年間的第一個版本稱為正本，把嘉靖年間的重錄本稱為副本。這就是說，國圖收藏的所有《永樂大典》全都是明朝嘉靖時期的副本。

不僅如此，歷史上被八國聯軍毀掠的是明嘉靖后期重抄的副本，流失海外和國內陸續搜集的殘本也均為嘉靖重錄副本或其抄本。而《永樂大典》的正本至今一卷也沒有發現，并且其下落也一直不見準確的記載。這就是說，《永樂大典》正本失蹤了！

11095冊《永樂大典》正本已經徹底消失了幾個世紀！《永樂大典》正本究竟何去何從？它還存在于這個世界上嗎？如果存在，它到底在哪？如果已經不存在于世界上，它又是什么時候，被誰，用什么方式毀滅的？對于正本的下落，為什么歷代史書中不見任何準確記載？

圍繞著《永樂大典》正本的是一個又一個諱莫如深的謎團，甚至有學者將之稱為“中國書籍史上的最大疑案”。