《元史》由于編修時(shí)間倉(cāng)促，而且出于眾手，使它不可避免地存在許多不足之處，歷來(lái)就遭到學(xué)者們的非難。同時(shí)也因?yàn)樗嗾粘妨?，所以保存了大量原始資料，使它具有比其他某些正史更高的史料價(jià)值。元朝的13朝實(shí)錄和《經(jīng)世大典》已經(jīng)失傳，部分內(nèi)容只是靠《元史》才得以保存下來(lái)?！对贰返谋炯o(jì)和志占全書(shū)一半，而本紀(jì)又占全書(shū)近1/4，保存了大量失傳的史料。列傳部分，由于元代史館的資料就不完備，漢人(特別是文人)常有碑傳資料可以參考，而一些蒙古名臣的資料常常無(wú)處可找，因此立傳的不及一半。就列傳中的蒙古、色目人而言，其中一部分人已沒(méi)有別的史料可供參考，后世對(duì)這些在當(dāng)時(shí)很有影響的歷史人物的事跡只有通過(guò)《元史》才能了解?！对贰返木幮拚哌`反一般的修史慣例，把一些儒家學(xué)者認(rèn)為不值一提的史實(shí)也記入《元史》。如本紀(jì)中記載作佛事，禮樂(lè)志中記載游皇城，列傳則把佛教、道教人物排在最前面，其次是方伎傳。這些內(nèi)容雖還有悖慣例，但恰恰反映了元代真實(shí)的社會(huì)情況，對(duì)研究金朝、元朝時(shí)期佛教，尤其是道教各流派的情況提供了重要資料。

《元史》存在的不足也是很多的。就資料而言，在長(zhǎng)期戰(zhàn)亂之后，史籍散失很多，一時(shí)難以征集，很難完備，已經(jīng)收集到的資料，限于翻譯條件，也沒(méi)有得到充分利用。如《元朝秘史》以及元朝的蒙古文典籍、檔案等等，都是很大的缺憾。所指出的問(wèn)題主要是：隨得隨抄，前后重復(fù)，失于剪裁;又不彼此互對(duì)，考定異同，時(shí)見(jiàn)抵牾。如本紀(jì)或一事而再書(shū)，列傳或一人而兩傳。同一專名，譯名不一。史文譯改，有時(shí)全反原意。沿襲案牘之文，以致《河渠志》、《祭祀志》出現(xiàn)了耿參政、田司徒、郝參政等官稱而不記其名。又據(jù)案牘編宰相年表，僅刪去其官銜而不予考訂，以致有姓無(wú)名。

《元史》列傳照抄碑志家傳之類，取舍不當(dāng)之處甚多。改寫(xiě)紀(jì)年的干支，竟有誤推一甲子六十年的情況，使史實(shí)完全錯(cuò)亂。史料中沒(méi)有具體廟號(hào)的皇帝，改寫(xiě)時(shí)弄錯(cuò)的例子甚多，如將太祖誤為太宗，太宗誤為太祖，憲宗誤為世祖，世祖誤為憲宗等。纂修人對(duì)前代和元朝蒙古族的制度也不熟悉，如宋朝各州另有軍號(hào)、郡名，《地理志》述沿革，卻寫(xiě)成某州已改為某軍、某郡之類。又如蒙古各汗的斡耳朵，汗死“其帳不曠”，由后代后妃世守以享用其歲賜，《后妃表》編者竟據(jù)此名單列為某一皇帝的妻妾。如此等等。所以清人錢(qián)大昕嘲笑“修《元史》者，皆草澤腐儒，不諳掌故”，因此下筆“無(wú)不差謬”。

不過(guò)，由于《元史》的編纂距元朝滅亡只有一兩年時(shí)間，元朝的一些史料，當(dāng)時(shí)還沒(méi)有得到。像大將常遇春攻克開(kāi)平，俘獲元順帝北逃時(shí)帶走的史料，因是洪武三年六月，《元史》已二次修成。這些史料就來(lái)不及引用了。又因當(dāng)時(shí)的編纂人不懂蒙古文，考訂的功夫也不夠，造成《元史》中出現(xiàn)了不少問(wèn)題，如有的應(yīng)立傳而無(wú)傳，甚至開(kāi)國(guó)勛臣的傳記也有缺略;有的一個(gè)人立有兩傳。至于史實(shí)錯(cuò)誤，譯音不統(tǒng)一等，就更不勝枚舉。因此，閱讀《元史》，應(yīng)參考《元朝秘史》、《新元史》等書(shū)籍。

朱元璋在建國(guó)之初，立即著手組織《元史》的編纂，而且在很短的期間成書(shū)，主要出于政治上的需要。他的意圖是以此來(lái)說(shuō)明元朝的滅亡和明朝的興起都出于天命”，而他自己則是“奉天承運(yùn)”的真命天子。