張居正死后不久，是年十二月壬辰(初八日)江西道御史李植上疏彈劾馮保十二大罪狀。明神宗覽奏之后大喜說：“吾待此疏久矣！”查抄馮保家產(chǎn)，并將馮保發(fā)配南京孝陵種菜。梁夢龍、曾省吾、王篆一概勒令致仕。這時(shí)候，宦官張誠及江西道御史李植、云南道御史羊可立、山東道監(jiān)察御史江東之等紛起攻訐張居正與馮?！敖唤Y(jié)恣橫”、“寶藏逾天府”，陜西道御史楊四知因上疏劾張居正“貪濫僭奢，招權(quán)樹黨”，神宗詔令“姑貸不究，以全終始?！比f歷十一年(1583年)正月，南京刑科給事中阮子孝又上疏彈劾張居正“各子濫登科第，乞行罷斥”。這時(shí)張四維上疏代辯，說“居正諸子所習(xí)舉業(yè)，委俱可進(jìn)。惟其兩科連中三人，又皆占居高第，故為士論所嫉，謗議失實(shí)”。神宗批文：“都教革了職為民”。羊可立彈劾張構(gòu)陷遼王朱憲?，同時(shí)遼妃上書為遼王辯冤，并說遼府家產(chǎn)無數(shù)，全入張家。

于是萬歷皇帝下令籍其家，一些老弱婦孺因?yàn)閬聿患巴顺霰环忾]于張府，餓死十七口，其中有三名嬰兒。

長子張敬修不堪嚴(yán)刑逼供之重負(fù)，在寫下一份“丘侍郎、任巡按，活閻王！你也有父母妻子之念……何忍陷人如此酷烈”“有便，告知山西蒲州相公張鳳盤，今張家事已完結(jié)矣，愿他輔佐圣明天子于億萬年也！”血書之后自縊身亡;二子張嗣修投井自殺未遂，又絕食未果，后發(fā)配邊疆。三子張懋修后戍煙瘴地而死。

在“奪情”事件中得罪張居正而受到排擠的于慎行曾給辦案的邱橓寫信：“當(dāng)其柄政，舉朝爭頌其功而不敢言其過，今日既敗，舉朝爭索其罪而不敢言其功，皆非情實(shí)也。”

薊州總兵戚繼光調(diào)任廣東任總兵，不久貧困而死。內(nèi)閣大學(xué)士許國連上三疏求去，說：“昔日顛倒是非在小人，今乃在君子(言官)，黨同伐異，罔上行私?！?/p>

皇帝迫于物議，恩準(zhǔn)給張家留空宅一所，田十頃養(yǎng)張老太太趙氏，余子皆充軍。李植以及江東之、羊可立三人，以“盡忠言事，揭發(fā)大奸有功”，分別晉升為太仆寺少卿、光祿寺少卿和尚寶司少卿。

張居正至天啟時(shí)方恢復(fù)名譽(yù)。崇禎時(shí)“撫髀思江陵，而后知得庸相百，不若得救時(shí)相一也”，為張居正徹底平反。識者感慨其“功在社稷，過在身家”?！睹魇贰吩u價(jià)他功在社稷，張居正故宅有題詩云：“恩怨盡時(shí)方論定，封疆危日見才難。”