由于德國在山東的侵略行徑，使得山東人民對(duì)外國侵略者極為反感。早在1897年就發(fā)生了巨野教案，山東巡撫李秉衡因此被貶職。在此之后，山東的民教矛盾有增無減。1897年，山東冠縣飛地梨園屯(今邢臺(tái)市威縣)村民與教堂因歷史上的土地糾紛引起沖突。威縣梅花拳師趙三多應(yīng)村民閻書勤等的邀請(qǐng)，前往援助。后趙三多將梅花拳改名為義和拳。1898年6月，山東巡撫張汝梅上奏朝廷，認(rèn)為義和拳本屬鄉(xiāng)團(tuán)，建議“改拳勇為民團(tuán)”。并明確說義和拳就是“義和團(tuán)”，在清朝官員中首次提出了“義和團(tuán)”的概念。同年10月趙三多等人在冠縣飛地蔣家莊(今邢臺(tái)市威縣)豎起“扶清滅洋”的旗幟“起義”，遭清軍鎮(zhèn)壓而失敗。

次年(1899年)，山東平原縣知縣蔣楷鎮(zhèn)壓義和團(tuán)，當(dāng)?shù)亓x和拳首領(lǐng)李長水請(qǐng)求荏平、高唐等地的義和拳首領(lǐng)朱紅燈支援，朱紅燈在杠子李莊整齊隊(duì)伍正式豎起了“天下義和拳興清滅洋”旗幟。10月11日，蔣楷率領(lǐng)勇役數(shù)十人前來鎮(zhèn)壓，被義和拳打敗。這次事件后來被稱為“平原起義”。

后來清廷加派袁世敦等人前來鎮(zhèn)壓，在森羅殿戰(zhàn)斗中擊敗義和拳。其后清軍游擊馬金敘活捉義和拳首領(lǐng)朱紅燈、心誠和尚等人。當(dāng)時(shí)的山東巡撫是毓賢，他仇視外國侵略者，對(duì)民眾反基督教情緒比較同情。他罷免了蔣楷、袁世敦等，對(duì)義和拳采取剿撫兼施，以撫為主的措施，有說法指出正是毓賢改拳為團(tuán)，還向朝廷上奏將民教矛盾的責(zé)任歸結(jié)于教會(huì)一方。其態(tài)度遭到外國敵視，在列強(qiáng)交涉下毓賢被革去職務(wù)。但毓賢對(duì)義和拳也進(jìn)行了鎮(zhèn)壓，在其離職前下令將朱紅燈、心誠和尚、于清水等義和團(tuán)首領(lǐng)殺害。1899年12月，袁世凱代替毓賢署理山東巡撫。

1899年，袁世凱在濟(jì)南就任山東巡撫后，對(duì)義和團(tuán)始終持?jǐn)硨?duì)態(tài)度，在其任山東巡撫后嚴(yán)格限制義和團(tuán)的活動(dòng)，并從1900年6月開始血腥鎮(zhèn)壓復(fù)起的義和團(tuán)。在山東遭遇不利情況后，義和團(tuán)開始向直隸等地轉(zhuǎn)移。清政府嚴(yán)禁義和團(tuán)，先后派出多批軍隊(duì)參與鎮(zhèn)壓。1900年5月12日，淶水縣高洛村發(fā)生教案，練軍分統(tǒng)楊福同前往彈壓。5月22日，數(shù)千義和團(tuán)在石亭設(shè)伏擊斃楊福同，被稱為“淶水大捷”。這次戕官事件使清廷大為震驚。隨后的1900年5月27日，直隸中部蘆保鐵路沿線約3萬義和團(tuán)占據(jù)了涿州城，知州龔蔭培無計(jì)可施，便絕食坐以待斃，這是義和團(tuán)占據(jù)和控制的第一個(gè)州城。在此之后，清政府又派出聶士成等參與鎮(zhèn)壓，與義和團(tuán)多次交戰(zhàn)。但此時(shí)直隸地區(qū)的義和團(tuán)運(yùn)動(dòng)已呈現(xiàn)出“誅不勝誅”的局面。