梁山最大的派系無疑是宋江自己的派系。宋江的嫡系主干是由三部分組成的，第一部分是他的嫡系中的嫡系，這包括宋江上梁山前的好友加兄弟花榮、朱仝、雷橫，他的親弟弟宋清，以及江州大牢里曾經(jīng)同生共死的戴宗，還有小跟班李逵，日后主動(dòng)投靠過來的吳用，還有他的徒弟孔明、孔亮，及貼身護(hù)衛(wèi)呂方、郭勝；第二部分是依附宋江的小派系。主要是青州的降將秦明、黃信，其中秦明是花榮的妹夫，這層關(guān)系秦明似也可以歸入宋江嫡系中的嫡系。清風(fēng)山的燕順、王矮虎、鄭天壽，加上后來嫁給王矮虎的扈三娘。揭陽鎮(zhèn)的李俊、李立、穆弘、穆春、張橫、張順、童威、童猛、薛永、侯健。黃門山的歐鵬、蔣敬、馬麟、陶宗旺。這些都是宋江直接招募來的；第三部分就是間接投入宋江派系的人馬，如自己來投奔的石勇，戴宗招募來的楊林，李逵招募來的湯隆、焦挺、鮑旭等。總共37人，占梁山組織的三分之一。

梁山的第二大派系是魯智深的三山系統(tǒng)。三山原指二龍山的魯智深、楊志、武松、施恩、曹正、張青、孫二娘；桃花山的周通、李忠；和白虎山的孔明、孔亮。但是考慮到孔明、孔亮是宋江的徒弟這層關(guān)系，而且兩人在梁山上又一直擔(dān)任老大的貼身侍衛(wèi)，所以應(yīng)該歸在宋江嫡系。相反少華山的史進(jìn)、朱武、陳達(dá)、楊春同魯智深的關(guān)系更為密切，所以三山應(yīng)指二龍山、桃花山和少華山。這個(gè)派系有13人。其中武松同宋江淵源很深，早在柴進(jìn)莊上，武松就為宋江所籠絡(luò)。

梁山的第三大派系則是原梁山的晁蓋系統(tǒng)，晁蓋死后林沖就是這個(gè)派系的老大。他們就是宋江上梁山初坐左邊的那九個(gè)頭領(lǐng)，林沖、劉唐、阮小二、阮小五、阮小七、杜遷、宋萬、朱貴、白勝。再加上日后由李逵帶上山的朱貴的兄弟朱富。這個(gè)派系是資格最老，對(duì)梁山貢獻(xiàn)最大的派系。其中劉唐和三阮都是和吳用一起劫生辰綱的生死兄弟，同宋江也頗有淵源。而林沖同三山系統(tǒng)的老大魯智深則是生死之交。這個(gè)派系共有10個(gè)人。

梁山的第四大派系是降將派系，主要是由幾次政府征討梁山和梁山主動(dòng)攻擊政府軍時(shí)被梁山收服的政府軍軍官組成。林沖、秦明、花榮等雖然也是前政府軍軍官出身，但是同梁山另有淵源，所以不算在降將派系中。這個(gè)派系比較松散，名義上的領(lǐng)袖是大刀關(guān)勝，是由三個(gè)小派系組成，再加上雙槍將董平、急先鋒索超。三個(gè)小派系是呼延灼派系、關(guān)勝派系和張清派系。呼延灼派系主要是梁山破高唐州后，第一次朝廷派出征討軍的軍官，有呼延灼、韓滔、彭[王己]、凌振等4人。關(guān)勝派系是一個(gè)比較大的派系，主要是梁山攻打大名府時(shí)，朝廷派出的兩支征討軍的軍官，共有關(guān)勝、宣贊、郝思文、單廷珪和魏定國(guó)等5人。張清派系是梁山打東昌府收服的東昌府政府軍軍官，張清、龔?fù)投〉脤O三人。這個(gè)松散的降將派系總共14人。但考慮到單個(gè)派系的人數(shù)都比較少，整體上的聯(lián)系又不夠緊密，所以無齋主人將其排在第四大派系。

梁山的第五大派系是盧俊義派系。盧俊義上梁山很晚，但還是有自己的班底的。主要成員是忠心耿耿的燕青和在北京大牢中結(jié)下生死情誼的石秀（石秀同盧俊義的關(guān)系可比戴宗同宋江的關(guān)系），以及幫過他的蔡福、蔡慶兄弟。楊雄、時(shí)遷同石秀原屬一個(gè)小集團(tuán)，聯(lián)系也十分緊密，所以因?yàn)槭愕年P(guān)系，這兩人也歸在了盧俊義的派系。盧俊義派系共有7人。

除此之外，梁山還有不少小派系。比如孫立的登州派系，這批人就是三打祝家莊時(shí)投奔梁山的解珍、解寶、孫立、孫新、鄒淵、鄒潤(rùn)、顧大嫂和樂和等8人。這個(gè)派系的人數(shù)不少，但缺乏重量級(jí)的人物，所以只能算個(gè)小派系。