明末三大奇案是指發生在明朝萬歷末年的、彼此相關的三個宮廷案件，即“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三案。這三起事件本身并不是很重要，但是其背后牽扯的勢力錯綜復雜，各方心懷鬼胎，這標志著明末紛亂和衰亡的開始。

1.梃擊案萬歷四十三年(公元1615年)五月初四晚間，有個手持棗木棒(在皇宮行刺也不帶個像樣的武器，真懷疑指使者的動機)的漢子，悄悄闖進了皇太子居住的慈慶宮，并用木棍將守衛宮門的人打傷，又闖入前殿的屋檐下，被擒獲。這就是所謂梃擊案。謀殺者張差據說是名瘋子，受人指使，欲加害皇太子。在審理過程中，案情幾次反復。實際情形是，謀殺者張差不瘋不傻，是受宮內太監的引誘，并被接應到宮內行兇。由于皇家內部的矛盾和朝官的派系之爭，受牽連的人很多，甚至有說是戚繼光部隊的逃兵，在當時造成了很大的影響。

2.紅丸案公元1620年八、九月之交，剛當皇帝不過30天的朱常洛一命嗚呼了。據說他的死，與他病中所服的紅色藥丸(鴻臚寺丞李可灼所獻)有關。紅色藥丸究竟是壽藥、道家丹丸還是別的什么毒藥？一時間朝野紛沸，連宰相、皇貴妃都被牽連到此案之中。這就是“紅丸”案。

東林于是開展攻擊，稱鄭家有意謀害皇帝。繼泰昌帝而后新登極的天啟皇帝朱由校迫于輿論壓力，準許內閣首輔方從哲退休，將崔文升發配南京，李可灼充軍，此案草草收場?！凹t丸案”成為明宮疑案之一。轉年，東林孫慎行等復官，又曾發此案以攻擊方從哲。次輔韓廣等出面調解。最后調查結果稱在場“眾臣皆有罪”。直到天啟五年(1625年)，魏忠賢上《三朝要典》，遂免可灼遣戍。李可灼這個案子，一直爭吵了八年，成為天啟朝黨爭的題目之一。

移宮案，為明末三大案之一。明萬歷四十八年(1620年)七月，明光宗朱常洛即位，為泰昌元年，寵妃李選侍照顧皇長子朱由校遷入干清宮。不到一個月后，光宗死于紅丸案，立熹宗為帝。李選侍又想繼續侍奉熹宗。當時，鄭貴妃、李選侍、魏忠賢來往甚密。魏忠賢想利用熹宗年幼之機，把持朝政大權，堅持讓李選侍居住在熹宗所在的干清宮內;都給事中楊漣、御史左光斗等，為防其干預朝事，逼迫李選侍移到仁壽殿噦鸞宮。此事件史稱“移宮案”。此案議論頗多，后來成為派系斗爭的代名詞。

魏忠賢此時尚未形成自己的閹黨派系，被楊漣等東林黨人壓制，所以日后才加倍報復，這是后話。

這三大案集中在明朝末期，且都與泰昌皇帝朱常洛有關。朱常洛是明代傳奇色彩最濃的一位皇帝，明宮三大疑案都與他有關，皇位也僅坐了一個月就駕崩了，死后陵寢也是采用當年景泰帝的廢陵，命運對帝王竟也如此捉弄。