在一般人眼里，朱元璋選擇鐘山作為自己的寢陵是看中了這里的風水，后人看待這個問題時，多以迷信的觀點來解釋其玄奧。昨天，南京大學文化與自然遺產研究所賀云翱教授告訴記者，明孝陵的選址過程體現最多的，其實還是古代的環境科學和精妙的建筑規劃理論。賀云翱教授說，在這處龐大的帝陵區域內，設計者將整座鐘山以及部分水面作為重要的“風水”景觀一起納入孝陵的建筑規劃設計中，從而實現了“因山為陵”、“天人合一”的中國帝陵建筑傳統和文化理念。

譬如，鐘山古稱“龍山”，早在東漢末年，已被諸葛亮、孫權等政治家視為“龍蟠”之地。朱元璋作為大明開國之君，擇金陵“龍脈”以為葬地，這完全符合風水要義。在鐘山的南面建造自己的帝陵，在鐘山的背面陪葬功臣，讓自己的臣子在死后也護衛著自己，南北對應，尊卑昭然。鐘山有東、中、西三峰，在古代的風水學上，這被稱為“華蓋三峰”。按照中國的傳統，以中峰的地位最高。而孝陵所處的獨龍阜，恰好處于中峰南面的玩珠峰下。賀云翱教授告訴記者，最早將這塊地盤視作風水寶地的是梁代高僧寶志和梁武帝蕭衍。在孝陵之西，有一座小山，人稱“小虎山”，過去不解其意，現從風水地貌上分析，方知其正處于孝陵之右的“虎砂”位上，與孝陵之東的“龍砂”之象左右對列;而直對孝陵陵宮的“梅花山”，過去都以為乃朱元璋為讓吳大帝孫權這條“好漢”給他的陵寢看大門而留下的，其實，這一如座如屏的小山是孝陵風水中的“案山”，有著十分重要的文化象征意義;其西南方向的前湖及逶迤南下的“鐘山浦”也具有靈動的“朱雀”風水特征。這樣孝陵陵宮及寶城就具備了左青龍、右白虎、前朱雀、后玄武的風水“四象”，加之孝陵的三道“御河”都呈由左向右流淌的形式，這種水，在風水上稱“冠帶水”，亦十分難得。

賀教授認為，其實，這是朱元璋和他的建筑設計師們在刻意利用大自然。朱元璋因勢利導，將三條河納入自己的寢陵范圍，既可以保留泄洪通道，又讓河流為陵墓增色。這是朱元璋尊重自然規律使然。如果朱元璋為建造自己的寢陵將三條河填平，山洪暴發時，其后果可想而知！孝陵就置身于這種天造地設的優美環境中，在中國明代早期之前的歷代帝陵中，像明孝陵這樣擁有如此完善的風水景觀的陵寢真可謂鳳毛麟角。

說得通俗點，在風水學上，凡是屋宅，左邊有流水的，稱為青龍;右邊有長道的，稱為白虎;前面有水塘的，稱為朱雀;后面有丘陵的，稱為玄武。這四種條件都具備的就是最好的建宅地點。但是作為現代人，可以想見，前面有水塘，后面靠著山，旁邊有河流，又緊靠交通方便的道路，環境宜人，生活在這里豈不是最高享受？賀教授說，“風水說”是中國古代的環境科學和建筑規劃理論的重要組成部分，具有豐富的科學思想和文化哲學涵義。盡管它受時代局限也夾雜著一些迷信成分，但在當代東西方學術界，人們都把它看成是中國古代文化的典型特色之一。