于1645年5月20日的城防崩潰后，揚(yáng)州城居民只有聽天由命了。盡管當(dāng)時(shí)大雨傾盆，但是一些居民忙著燒香，準(zhǔn)備著入侵者的到來(lái)，同時(shí)大量地隱藏他們的金銀財(cái)寶。他們只是做了這些謹(jǐn)慎的準(zhǔn)備，但是全然無(wú)力抵抗那些已接管這座城市的滿族人、蒙古人和投降了的漢人。王秀楚寫道：“眾皆次第待命，予初念亦甘就縛”。

那些叛徒領(lǐng)著清兵在這座商業(yè)城市中從一個(gè)富戶進(jìn)入另一個(gè)富戶。清兵們先是要銀子，后來(lái)就無(wú)所不要了。直到20日的白天，還沒(méi)有人身傷害。但是夜幕降臨之后，人們聽到了砸門聲、鞭子抽人聲和受傷人發(fā)出的嚎叫聲。那個(gè)夜晚火勢(shì)蔓延開來(lái)，但有些地方的火被雨澆滅了。到于1645年5月21日，一份告示保證說(shuō)，如果藏起來(lái)的人能夠出來(lái)自首的話就會(huì)得到赦免，于是許多藏在自己家里的人走了出來(lái)。可他們走出來(lái)后卻被分成50或60人一堆，在三四個(gè)士兵的監(jiān)督下，用繩子捆起來(lái)。然后就開始用長(zhǎng)矛一陣猛刺，當(dāng)場(chǎng)把他們殺死，即使仆倒在地者也不能幸免。諸婦女長(zhǎng)索系頸，累累如貫珠，一步一跌，遍身泥土;滿地皆嬰兒，或襯馬蹄，或藉人足，肝腦涂地，泣聲盈野。 揚(yáng)州變成了屠場(chǎng)，血腥惡臭彌漫，到處是肢體殘缺的尸首，一切社會(huì)準(zhǔn)則都不復(fù)存在了。

揚(yáng)州百姓，同仇敵愾御敵。據(jù)史可法紀(jì)念館館藏資料記載：在保衛(wèi)揚(yáng)州城的戰(zhàn)斗中，百姓踴躍參戰(zhàn)。有的奔上城頭搶修防御工事，有的協(xié)助兵士巡城，連婦女老小都出動(dòng)，搜集磚石、石灰，趕制刀槍弓箭。退職武將樊大綱召集一批志士，加入守城隊(duì)伍。其母為了免除兒子的牽掛，竟一頭撞死在石碑上。城被攻破后，市民們或同清兵巷戰(zhàn)而死，或自殺身亡。二百多揚(yáng)州少年自發(fā)組織起來(lái)，到處伏擊清軍，全部戰(zhàn)死：諸生高孝瓚，在衣襟上書：“首陽(yáng)志，睢陽(yáng)氣，不二其心，古今一致”，在學(xué)宮自縊;醫(yī)生陳天拔、畫家陸榆，船民劉某、徐某，均不屈死;婦女拒辱自殺者不計(jì)其數(shù)。

那些從城墻上跳下去企圖逃跑的人不是摔斷了大腿，就是落到了流氓無(wú)賴和散兵游勇手中，他們把這些人抓起來(lái)拷打，要他們交出財(cái)寶來(lái)。在城里，一些人藏到垃圾堆里，在身上涂滿爛泥和臟物，希望以此躲開人們的注意，但是清兵不時(shí)地用長(zhǎng)矛猛刺垃圾堆，直到里面的人像動(dòng)物一樣蠕動(dòng)起來(lái)，鮮血從傷口流了出來(lái)。大火蔓延開來(lái)，那些因?yàn)椴卦谖葑永锘虻叵率依锶匀换钪娜藗儯蛘呤潜粺o(wú)情的大火所吞噬，或者是戰(zhàn)戰(zhàn)兢兢地跑到街上，被那些仍然在屠城的清兵殺死了。甚至那些被正規(guī)的清軍放過(guò)去的、赤身露體在街上游轉(zhuǎn)的、孤弱無(wú)助的市民，又被成群的散兵(“不知為清兵、為鎮(zhèn)兵、為亂民”)攔住，亂棒打死。

到5月25日，即濫殺和搶劫的第六天，這場(chǎng)大屠殺結(jié)束了。清軍接到豫王的命令，就此封刀。和尚們得到命令開始收集和焚燒尸體。到5月27日，開始賑濟(jì)口糧。又過(guò)了幾天，那場(chǎng)雨——它使大火沒(méi)有毀滅整個(gè)城市——終于停止了，太陽(yáng)也出來(lái)了。當(dāng)時(shí)的人們估計(jì)，有80萬(wàn)人死于這場(chǎng)屠殺。