明朝末年，李自成等多支農民起義隊伍揭竿而起，攻城略地，漸成汪洋之勢，黑暗腐朽的明王朝搖搖欲墜。崇禎十年(1637年)。李自成的一支隊伍進攻四川，后沿白龍江，由洮州西人番地，轉戰千里。在河州西川與洪承疇所部大戰，義軍受挫，折回洮州，攻羊撤關，并過今臨潭羊沙鄉，東進岷州、西和、禮縣山中。后轉戰甘、寧、陜、進而直取北京，建立了大順朝。

吳三桂引清兵入關后，清軍殘酷鎮壓了陜、甘地區的起義軍，重新恢復了封建統治。清圣祖康熙七年(1668年)，改鞏昌布政使司為甘肅布政使司，徙治蘭州。蘭州府領河州、今夏河縣拉卜楞以北、大夏河以西屬河州。乾隆二十七年(1762)設循化撫番廳，轄口外南番21寨，即今夏河縣全部和合作市大部分地區。卓尼楊土司管內轄12掌尕(城區)、外四掌尕(郊區)，全境48旗。洮州、清沿明制。至雍正二年(1724年)改屬鞏昌府。乾隆十三年(1748年)戴衛，改為洮州廳。在西固(今舟曲縣)境內，順治十二年(1655年)置階州西固分州。雍正七年(1729年)階州改為直隸州。其時今舟曲境內尚有多納趙土司和黑峪寺黃土司轄地。

清王朝正式將青海等地控制以后。進一步加強了對蒙、藏各族人民的統治，規定青海諸王爺臺吉等論功罪，定賞罰。定期推選盟長，按期朝貢。還規定每年四月，在指定地點，由官軍監督進行貿易。雍正九年(1731年)，清政府劃定藏區各部落牧地。次年，在牧區派專人普遍征收賦稅，每戶每年征收貢馬，折銀八分。

清初。在洮州、河州等5個茶馬司所在地，茶馬交易沿襲明代舊制，其中洮馬居其七、岷馬居其三，洮州納馬番人66族，由陜西茶馬御史管轄。招商轉運川、陜茶葉，交換藏、蒙馬匹。當時、以上馬給茶12篦(每篦10斤)，中馬給茶9篦，下馬給茶6篦。茶入藏區關口，均有駐軍巡查，私茶過境，拿官治罪。與藏民交易只準在集市上進行。不準毆民進入內地交換。

鴉片戰爭后，以太平天國革命為標志，在全國各地廣泛掀起了一個反對帝國主義列強、反封建、反民族壓迫的革命高潮。甘南各族人民遙相呼應，積極參與了這場斗爭。道光二十六年(1846年)四月。陜甘總督布彥泰派兵置過黃河，進軍循化所屬的黑錯(今合作市)四溝，搜索前藏族首領昏卜剛究、索努脫巴等人。黑錯地區的藏族人民為免遭清兵屠戮，進行了英勇頑強的武裝抵抗。在清兵優勢兵力和大炮的進攻下，抵抗斗爭慘遭失敗，但起義軍不畏強暴的精神卻永載史冊。