此時(shí)他已經(jīng)脫離政界，在家里著書立說由兒子吳道時(shí)等親屬四人將遺體移入棺內(nèi)。盛殮吳氏遺體的是一具老金絲楠木棺，為萬益祥木廠所制作的一流大棺，標(biāo)價(jià)11000元，該號(hào)老板久慕吳氏為人，只收取7500元成本費(fèi)。因吳佩孚留有遺囑，殉殮之物僅為一些勛章、紀(jì)念章及包金制錢數(shù)枚等物，無任何值錢的珍寶。舉辦的度亡道場，可謂規(guī)模盛大，靈棚內(nèi)高懸紅、黃、藍(lán)、紫、青各色經(jīng)幡四十幢，共十棚經(jīng)，僧道人數(shù)達(dá)百余眾。樂隊(duì)亦有數(shù)班，竟日參與演奏。

1940年1月24日，吳氏靈柩舉殯，為民國以來北平最大規(guī)模的出殯。由六十四名杠夫肩抬盛殮靈柩，靈柩兩側(cè)各系三百尺長的白練，由送殯人牽引，緩緩行進(jìn)。移靈所經(jīng)線路由社會(huì)各界設(shè)立祭棚十一座，路祭桌、茶桌鱗次櫛比，難以數(shù)計(jì)。圖為送殯隊(duì)伍經(jīng)過天安門。1939年12月4日，寓居北平近八年之久的吳佩孚，逝世于什錦花園胡同11號(hào)公館，享年六十六歲。吳佩孚早已遠(yuǎn)離了波詭云譎的政治舞臺(tái)，但占領(lǐng)北平的日本人老想讓吳佩孚“出山”，無論日本人如何利誘，這位生性狷介忠直，以關(guān)岳自況的吳大帥，巋然不為所動(dòng)。晚年他潛心于闡釋儒家學(xué)說，有《循分新書》、《正一道詮》、《明德講義》、《春秋正義證釋》等著作傳世，民國名記者陶菊隱譽(yù)其為“中國舊軍人的最后一個(gè)典型”。

吳佩孚的死因，至今謎團(tuán)未解。可以肯定的是：無論他是死于日偽的陰謀，還是誤于庸醫(yī)之手，都無礙他的晚節(jié)。報(bào)道稱：“吳佩孚將軍，以六秩晉六之翁，身體素健，步履如恒，詎于前四五日突罹牙疾，當(dāng)延伊東日本大夫及中醫(yī)郭眉臣、西醫(yī)方石珊、德醫(yī)史替芬等醫(yī)治，以期萬全。惟牙腫迄未見痊可，竟于四日下午六時(shí)病逝，享年六十六歲。”

中國最具影響力的媒體《大公報(bào)》，于12月6日發(fā)表社評(píng)《悼吳佩孚將軍》，其中說：“吳佩孚將軍以敗血癥于前夕逝世于北平，此一代人杰，乃于今日保持完節(jié)溘然長逝于異族大敵統(tǒng)治下之故都，全國同胞聞此噩耗，均不勝其感念悲悼之情矣！”北平舉行的大殮定于12月5日下午舉行。這天，日本華北派遣軍最高指揮官多田中將竟然也來到吳宅致祭。1940年1月16日舉行的“點(diǎn)主”大典，竟請來了前清翰林傅增湘為點(diǎn)主官。1940年1月21日，重慶國民政府于吳佩孚移靈之日，舉辦了吳佩孚將軍追悼大會(huì)，蔣介石親臨致祭并送挽聯(lián)一副：“落日睹孤城，百折不回完壯志；大風(fēng)思猛士，萬方多難惜斯人。”