袁世凱鎮壓了“二次革命”后，于10月6日出任民國第一任正式大總統，11月4日，他又以“叛亂”罪名下令解散國民黨，驅逐國會內國民黨籍議員。由于人數不足，國會無法運作，不久即被解散。

變成專制總統的袁世凱，到1915年，竟然冒天下之大不違做起了皇帝，稱為洪憲帝政。由于蔡鍔等人反對，袁世凱在蔡鍔發動的“護國戰爭”中被迫摘下皇帝的帽子，并于1916年6月6日死去。他分化了的北洋軍閥，仍然掌握統治大權，繼續實行獨裁。

為維護臨時約法，恢復國會，聯合西南軍閥共同反對北洋軍閥的獨裁統治，孫中山回到中國，領導掀起了“護法戰爭”，組織護法政府并就職為“大元帥”。

因為實力有限，西南軍閥又各打自已的算盤，在與操縱中央政府的直系軍閥勾結后，便處處排擠孫中山。孫中山憤然辭職，在挫折和失敗后，從俄國的十月社會主義革命和五四愛國運動中看到了新的希望。

1919年，孫中山改組中華革命黨為中國國民黨，擔任總理;1920年，應成功擊退盤踞廣州一帶桂、滇兩系的陳炯明邀請重回廣州。

1921年，廣州非常國會取消軍政府，選孫中山為大總統(習慣上稱為非常大總統)，開始第二次護法運動。

由于與主張“暫緩軍事、聯省自治”的陳炯明產生激烈沖突，1922年6月，孫中山的總統府遭到陳炯明炮擊，被迫回上海。

這時候，絕望中的孫中山遇到了共產黨。從1922年8月起，中國共產黨派人多次同他會見，蘇俄特使越飛多次同他會談，使孫中山真誠地接受國際工人階級和中國工人階級的幫助，開始了他一生中偉大的轉變。

1922年9月，孫中山著手改組中國國民黨。1923年，孫中山第三次在廣州建立政權，成立陸海軍大元帥大本營，復任大元帥。

1924年1月，孫中山在中國國民黨第壹次全國代表大會上，宣布實行“聯俄、聯共、扶助農工”三大政策，接受中國共產黨和蘇俄共產黨幫助，改組國民黨。并于3月組建黃埔軍校，任命蔣介石為校長。

1924年10月23日，馮玉祥在北京發動北京政變，推倒大總統曹錕，邀孫中山北上共襄國事。此時，孫中山健康已急轉直下，但為了國家的前途，他毅然北上。

孫中山抵京入住北京飯店后，1925年1月即開始病發。1月26日，被確診為肝癌，在協和醫院接受手術。

1925年2月18日，他移至行館接受中醫治療，3月11日，自知不起，臨終時由夫人宋慶齡扶腕，在汪兆銘所代筆的《總理遺訓》《致蘇聯政府書》及親筆書寫的《家事遺書》上簽下了他孫中山的名字。

政治遺書：“余致力國民革命，凡四十年，其目的在求中國之自由平等。積四十年之經驗，深知欲達到此目的，必須喚起民眾，及聯合世界上以平等待我之民族，共同奮斗。現在革命尚未成功。凡我同志，務須依照余所著《建國方略》、《建國大綱》、《三民主義》及《第壹次全國代表大會宣言》，繼續努力，以求貫徹。最近主張召開國民會議及廢除不平等條約，尤須于最短期間，促其實現。是所至囑！”

致蘇聯遺書：“蘇維埃社會主義共和國大聯合中央執行委員會親愛的同志：我在此身患不治之癥。我的心念，此時轉向于你們，轉向于我黨及我國的將來。你們是自由的共和國大聯合之首領，此自由的共和國大聯合，是不朽的列寧遺產與被壓迫民族的世界之真遺產。帝國主義下的難民，將藉此以保衛其自由，從以古代奴役戰爭偏私為基礎之國際制度中謀解放。我遺下的是國民黨，我希望國民黨在完成其由帝國主義制度解放中國及其它被侵略國之歷史的工作中，與你們合力共作。命運使我必須放下我未竟之業，移交于彼謹守國民黨主義與教訓而組織我真正同志之人。故我已囑咐國民黨進行民族革命運動之工作，中國可免帝國主義加諸中國的半殖民地狀況之羈縛。為達到此項目的起見，我已命國民黨長此繼續與你們提攜。我深信你們政府亦必繼續前此予我國之援助。親愛的同志！當此與你們訣別之際，我愿表示我熱烈的希望，希望不久即將破曉，斯時蘇聯以良友及盟國而歡迎強盛獨立之中國，兩國在爭為世界被壓迫民族自由之大戰中，攜手并進以取得勝利。謹以兄弟之誼祝你們平安！”

家事遺書：“余國盡瘁國事，不治家產。其所遺之書籍、衣物、住宅等，壹切均付吾妻宋慶齡，以為紀念。余之兒女，已長成，能自立、望各自愛，以繼余志。此囑！”

最后，孫中山斷斷續續又說出了七個字的國事遺言：

“和平……奮斗……救中國！”