關(guān)于朱元璋葬在朝天宮的說(shuō)法，至晚清代初年就有了。清初的王棠(字勿翦，其父為明崇禎間進(jìn)士。)《知新錄》中云：“俗說(shuō)朝天宮是明太祖葬處，此訛言也。帝王大度，斷不如是。元朝帝王無(wú)陵寢，其伎倆與瞞同。”王棠對(duì)當(dāng)時(shí)明太祖葬在朝天宮的說(shuō)法并不認(rèn)同，當(dāng)然，元朝帝王無(wú)陵寢是蒙古舊俗，說(shuō)他們是學(xué)曹操(小名“阿瞞”)的伎倆是不對(duì)的。朱元璋葬在金陵朝天宮的說(shuō)法雖然有人不信，但并不妨礙它繼續(xù)流傳，至少到清乾隆時(shí)期還有人相信這種說(shuō)法，這要從清代著名學(xué)者全祖望的一首詩(shī)說(shuō)起。

全祖望(1705-1755)字紹農(nóng)，一字榭山。他十六歲時(shí)，出應(yīng)鄉(xiāng)試，以古文謁編修查慎行。查慎行對(duì)他大為贊賞，認(rèn)為他是劉原父(北宋史學(xué)家劉敞)一類的人物。十九歲時(shí)，他由督學(xué)王蘭生推選入京，上書(shū)待郎方苞，議論喪禮。方苞驚嘆他博學(xué)，替他宣揚(yáng)，由此聲譽(yù)大起。雍正十年(1732)全祖望參加順天鄉(xiāng)試，得中舉人。戶都待郎李紱見(jiàn)了他的文章，贊賞道：“這是黃震、王應(yīng)麟以后第一個(gè)人才啊！”邀請(qǐng)他到自己家中同住。乾隆元年(1736)他被推薦參加博學(xué)鴻詞科，考試尚未進(jìn)行，他就參加禮部春試，中了進(jìn)士，選在翰林為庶吉士。他在翰林院與李紱一起攻讀秘藏的《永樂(lè)大典》，甚是投契。

因大學(xué)士張廷玉與李紱交惡，嫉李、全相善，兩年散館時(shí)，他被列入最下等，以知縣候選。他一怒之下辭官回到家鄉(xiāng)寧波，著述授徒，從此絕意仕進(jìn)。乾隆六年(1741)李紱典試江南，全祖望到南京去拜訪他。全祖望的這首詩(shī)《從朝天宮謁孝陵》應(yīng)是這時(shí)寫(xiě)成的：

鐘阜衣冠是與非，朝天弓劍更傳疑。難尋玉匣珠襦地，但見(jiàn)神功圣德碑。

開(kāi)國(guó)諒無(wú)慚漢祖，嗣孫底是學(xué)曹丕。當(dāng)年可笑山陵使，亂命何人為弼違。

全祖望自注云“世傳高皇帝龍蛻在是宮不在陵也”，說(shuō)明他是知道朱元璋葬在朝天宮的說(shuō)法的。他說(shuō)“玉匣珠襦”之地即朱元璋遺體葬處難以尋到，還責(zé)備朱元璋嗣孫朱允炆學(xué)曹操之子曹丕，為先人制作疑冢，說(shuō)明他是同意朱元璋葬在朝天宮的說(shuō)法的。

另外，全祖望《題明太祖紀(jì)后》自注云：“是日以阻風(fēng)，因游孝陵，歸而賦此。”此詩(shī)應(yīng)是他欲從水路離開(kāi)南京，因風(fēng)浪太大沒(méi)有成行而順便游孝陵后所作。

詩(shī)中有“聞遣車徒卜函谷，悔教弓劍瘞長(zhǎng)干”之句，說(shuō)的是朱元璋曾遣太子朱標(biāo)到長(zhǎng)安考察形勢(shì)，有遷都的打算，可惜朱標(biāo)回來(lái)后一病不起，遷都也最終沒(méi)能實(shí)現(xiàn)，這是朱元璋應(yīng)該后悔的。詩(shī)句中以“函谷”指代長(zhǎng)安，以“長(zhǎng)干”指代南京，用“長(zhǎng)干”可能是因?yàn)槠涞鼐喑鞂m不遠(yuǎn)的緣故。

清嘉道年間的南京著名藏書(shū)家甘熙對(duì)朱元璋葬在朝天宮的說(shuō)法提出了質(zhì)疑。甘熙(1797-1857)，清道光十九年進(jìn)士，一生勤事纂述。同光以前私人寫(xiě)志之風(fēng)已盛，甘熙之《白下瑣言》尤負(fù)盛名。《白下瑣言》的成書(shū)，前后達(dá)四十年左右的時(shí)間，為甘熙與同里金鰲、朱緒曾等一起收輯鄉(xiāng)邦文獻(xiàn)而成。書(shū)中除記錄嘉道年間甘熙所目睹耳聞的故實(shí)，“乃祖乃父，舊有聞知”也在載錄之列。《白下瑣言》云：“朝天宮，宋為天慶觀，元為元妙觀，又改永壽宮，明初賜今額。明時(shí)，百僚朝賀習(xí)儀于此。世傳三清殿下為明祖真葬處。”

甘熙認(rèn)為，朱元璋死后葬于孝陵是正史上明確記載的，況且按常理來(lái)說(shuō)，朱元璋親自選定陵址，修建陵墓工程浩繁，動(dòng)用銀兩過(guò)百萬(wàn)，前后建造數(shù)十年，豈能都是為馬后一個(gè)人打算的？建文帝天性仁孝，又怎么忍心把太祖遺骸置于渺不可知之地呢？群臣難道沒(méi)有目擊這件事的嗎？

對(duì)于一切都是朱元璋遺命的說(shuō)法，甘熙與上文王棠“帝王大度，斷不如是”的看法相似，認(rèn)為明太祖朱元璋是從一介布衣打天下當(dāng)上皇帝的，開(kāi)宗立統(tǒng)，不免事事猜忌，這和漢高祖劉邦是相同的，但絕不是曹操那樣的奸竊之流，不會(huì)師法曹操故布疑冢的伎倆。不管人們對(duì)朱元璋葬在南京朝天宮的說(shuō)法信與不信，這個(gè)說(shuō)法一直在民間流傳著。