維吾爾族在歷史上信仰過(guò)原始宗教、薩滿教、祆教、摩尼教、景教、佛教等，后來(lái)又改信奉了伊斯蘭教。

維吾爾族在對(duì)大自然的認(rèn)識(shí)過(guò)程中，最初出現(xiàn)了對(duì)自然崇拜、祖先崇拜和圖騰崇拜。他們崇拜太陽(yáng)、月亮、星星、大樹(shù)、天、山、海、火。現(xiàn)在還保留了不少原始宗教的遺風(fēng)。如鄯善維吾爾族不準(zhǔn)朝著太陽(yáng)、月亮吐唾沫，大小便，不準(zhǔn)在崇為“圣樹(shù)”的樹(shù)下做穢行之事。視鹽為圣物，結(jié)婚婚禮，新娘坐車(chē)要越過(guò)一個(gè)火堆，或由新娘圍著火堆繞行三圈等習(xí)俗。這些都是原始宗教的遺跡。

眾所周知，維吾爾族是以狼為圖騰的，但對(duì)其成因卻很少有人探討。或認(rèn)為突厥“大柢犬狼之族，繁于北方，故渾沌草昧者引以為徵，是固不足深求，亦無(wú)可置信”——干脆不予重視;或簡(jiǎn)單從狼與游牧民族生活的關(guān)系方面加以解釋——這亦未免有此牽強(qiáng)，因?yàn)樯钤谕粎^(qū)域的游牧民族并非全是以狼為圖騰的。如黠戛斯人曾以雪豹和牛為圖騰，哈薩克人的先祖則曾以白天鵝為圖騰。維吾爾族以狼為圖騰。

維吾爾族的諸宗教文化尤其是伊斯蘭文化的沖擊下，仍未能改變其衰落的命運(yùn)。這種衰落是由諸多方面的因素所決定的，是歷史發(fā)展的必然趨向。雖則如此，其用作團(tuán)結(jié)民眾、激勵(lì)斗志及崇尚勇猛的文化精華卻作為文化遺產(chǎn)被保留在歷史傳說(shuō)和人民的記憶乃至日常生活習(xí)俗之中。作為一種文化現(xiàn)象，狼圖騰不可能也并未因維吾爾諸宗教文化的衰落、消亡而消失，相反，卻一直保留了下來(lái)。

經(jīng)過(guò)數(shù)百年的社會(huì)遺傳，以至于最終形成了如《周書(shū)》等所錄之神話。同樣的神話亦保留在匈奴方面的傳說(shuō)之中。據(jù)載，匈奴單于曾生有二女，姿容甚美，單于欲“將以與天”，乃筑一高臺(tái)，將二女置其上，“請(qǐng)?zhí)熳杂保哪旰螅幸焕侠菚円故卦谂_(tái)下嚎叫，并在臺(tái)下掘一洞穴。

其小女從臺(tái)上下來(lái)后，“為狼妻而產(chǎn)子，后遂滋繁成國(guó)”，稱為高車(chē)。故而謂高車(chē)“其先匈奴之甥也”所謂“侍衛(wèi)之士謂之附離”正蘊(yùn)含了獵驕靡曾為狼所哺養(yǎng)、護(hù)衛(wèi)之深刻內(nèi)涵;而“置附鄰可汗”，顯然是對(duì)可汗的美稱，比喻其勇猛如狼。至于“牙門(mén)樹(shù)金狼頭纛”，回鶻“可汗恃其強(qiáng)，陳兵引子儀拜狼頭纛而后見(jiàn)”等記載則是對(duì)其狼圖騰崇拜的真實(shí)寫(xiě)照。狼并非為所有操突厥語(yǔ)部落的圖騰。在一個(gè)被稱作貝格列的默戛斯葉尼塞如尼文碑上刻有如下兩句話：“我打死七只狼，我沒(méi)有打雪豹和鹿。”