柯爾克孜族是中國的古老民族之一。漢文史籍首先著錄柯爾克孜先民的是《史記》，稱之為“鬲昆”。后來的史書又作“隔昆”。東西漢時期多稱“堅昆”，魏晉至隋朝稱“結骨”、“契骨”、“紇骨”、“護骨”，“黠戛斯”是唐時對柯爾克孜族的普遍稱謂，宋、遼、金時期“轄戛斯”、“黠戛司”、“紇里迄斯”稱之，蒙元時期一般稱作“吉利吉思”、“乞兒吉思”，所有這些，都是“柯爾克孜”一詞在清代以前各時期的漢語不同譯音。清代沿用準噶爾蒙古對柯爾克孜族的稱呼“布魯特”，意為“高山居民”。民國初年，仍稱“布魯特”。1935年4月，柯爾克孜族作為該民族的正式名稱，經由新疆省第二次民眾代表大會通過。

關于柯爾克孜族的起源，中外史籍和柯爾克孜族的傳說都有種種不同的說法。這些說法，大都由“柯爾克孜”一詞的不同含義引申而出，或言歷史起源，或言生活環境，或言形貌特征。流傳較為廣泛的傳說有：“柯爾烏克孜”——山里的烏古孜人;“柯爾奧古孜”——依山傍河的人;“柯爾蓋孜”——山里的游牧人;“黠戛斯”——黃頭赤面(回紇人對柯克爾孜人的稱呼)等等。

柯爾克孜族源出古代民族，但不等同于古代民族。今天的柯爾克孜族乃是一個在歷史長河中不斷吸收、融合其他民族成分而逐漸形成的民族共同體。公元前3世紀，柯爾克孜族先民已游牧生息于葉尼塞河上游地區。公元前3世紀末依附于勢力強大的匈奴。公元87年匈奴統治瓦解后，一部分堅昆人隨其遷移到中亞天山一帶。公元1世紀后，鮮卑、柔然、高車繼起漠北，統轄堅昆。

6世紀中葉突厥雄霸漠北，堅昆時稱“契骨”，隸屬突厥鐵勒部。從漢代至隋朝這一歷史時期，部落和氏族公社是堅昆社會基本的組織形式，貧富差別也已產生。游牧和漁獵是其主要的社會生產活動，也有一定數量的農業和手工業。

公元前632年唐朝派王義宏出使黠戛斯。643年黠戛斯遣使向唐貢獻貂皮。646年唐與鐵勒諸部滅薛延陀汗國，漠北諸游牧部落，包括黠戛斯全都隸屬于唐朝，唐設燕然都護府進行管理。648年唐朝于黠戛斯地設堅昆都督府，拜黠戛斯首領俟利發為左屯大將軍、堅昆都督，從而使黠戛斯正式納入唐朝版圖。718年堅昆都督骨篤祿毗伽可汗率部參加了唐朝對后突厥的軍事討伐行動。744年回紇建國。8世紀末至9世紀初，回紇對黠戛斯發動大規模的征戰，黠戛斯社會經濟遭到嚴重破壞。9世紀20年代黠戛斯復興。840年黠戛斯滅回鶻汗國，回鶻被迫西遷，黠戛斯汗國稱雄漠北，勢力一度達到天山地區。在唐代，黠戛斯始終與中央王朝保持密切的政治、經濟、文化聯系。847年唐宣宗遣使敕封黠戛斯可汗為“英武誠明可汗”。870年唐朝在平息沙陀李克用叛亂的戰爭中，得到了黠戛斯的出兵援助。